這是一部真人真事改編的電影，是一個關於生命的故事。
小狗母子在無人的村落裡勇敢的存活下來，奇蹟般的16天。
2004年10月23日，下午5點56分。以日本新潟縣中越地區為震央，發生震級6.8的地震，被命名為「新潟縣中越地震」的地震，以鬥牛和鯉魚產地聞名的山古志村（現名長岡市）也因新幹線軌道損壞而被完全孤立，整個村莊受到毀滅般的破壞。不過，有個故事給予了在山古志村失意深處的人們勇氣。
地震當天，母狗「瑪莉」生了３隻幼犬。地震發生，人人都避難後，在荒廢的自然之中，憑著自己守護了孩子16日後和三隻幼犬一起平安歸來的瑪莉，那姿態激起大眾的感動。「與孩子一起存活下來」的模樣，不只給予本地受災者勇氣，也大大激勵了中越地震的復興。在這個原作的原地，在新潟縣長岡市、三條市的全面協助下所拍攝出來的，就是這個電影《心動奇蹟﹣瑪莉與三隻小狗的故事﹣》。
瑪莉，謝謝你。你用小小的生命讓我了解，最重要的東西。
代代在新潟縣山古志村生活的石川家，是由在村辦公室工作的優一、兒子亮太和妹妹彩、還有頑固的祖父優造（宇津井健）組成的四人家庭。亮太和彩的母親幸子雖然已經過世了，但是在長岡經營美容院的幸子的妹妹冴子會偶爾過來，代替母親準備餐點等等事情。
有一天，亮太和彩一起去平時遊玩的空地，與被丟棄在寫著「請領養牠」的紙箱裡的幼犬相遇。不湊巧的是父親最討厭的就是狗。雖然警告亮太不可能在家養狗，但是彩無法捨棄回家的路上哪都跟著的小狗，「你還這麼小，爸爸跟媽媽就都不在了，好可憐喔…」。小時候母親就過世，聲音長相都不記得的彩讓亮太想到，拉攏爺爺站在他們這邊，迫使爸爸認同他們飼養那隻小狗。就這樣，小狗被命名為瑪莉，成為石川家新的家人。2004年，瑪莉也長大，並生了三隻小狗。石川家因為多了新家人非常高興。亮太和彩，瑪莉和小狗們，一起在山間奔跑玩樂。但是，幸福的時間也只有這瞬間......(摘自布克文化出版/《心動奇蹟─瑪莉與三隻小狗的故事》電影書)
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